Скачал на Вашем сайте Whic. Запустил сканирование, с доменами *.ru все нормально, а вот статус остальных  доменов знаки "?"

В бесплатной программе Whic free поддерживается сканирование только доменов из русских зон ".ru", ".su" и ".рф". Вы можете приобрести коммерческую версию, если нужен расширенный функционал, в частности, другие доменные зоны

Ограничение бесплатной версии whic в том, что позволяет сканить только в один поток?
Нет, программа сканит домены сразу в несколько потоков и в бесплатной версии и достаточно быстро - можете убедиться сами, запустив домены на сканирование: список из полусотни доменов free-версия отработает за несколько секунд. В коммерческих версиях, помимо всего прочего, добавлена поддержка прокси-серверов для еще большего ускорения

Для чего нужны "группы" в настройках программы?

Для того, чтобы можно было группировать Ваши домены в больших списках. Информация о группах сохраняется в файле .wic. Также можно сохранить набор групп по умолчанию в настройках, так чтобы он появлялся при каждом новом списке.

Можно ли сделать так, чтобы whic обращался к whois серверам с меньшей частотой. Боюсь бана: я оставляю в программе на сканирование сотни тысяч доменов.

Не стоит беспокоиться за бан. Программа соблюдает все ограничения whois серверов. Кроме того, не стоит бояться капчи, так как к web-сервисам программа не обращается. Скорость обеспечивается только за счет реальной многопоточности

Откуда программа тянет данные? Существуют ли ограничения на периодичность запросов с одного ip?

Программа запрашивает информацию у whois серверов регистраторов доменных имен. Ограничения существуют, программа автоматически ограничивает запросы во избежании бана Вашего IP-адреса.